Recenti scavi hanno rivelato al di sotto del piano seminterrato la presenza di strutture sepolcrali del I sec. a. C. e di un edificio che registra almeno tre fasi costruttive, a partire dalla prima età imperiale fino alla prima metà del II secolo d. C., periodo quest’ultimo cui risalgono resti di mosaico pavimentale con tessere bianche e nere ed un muro in opus mixtum distinguibile al pianterreno della Casina, inglobato nella muratura del lato sud-ovest.

La fase medievale, individuabile nella parte sud-ovest dell’edificio, viene riferita alla sede ospedaliera che ai primi del XIV secolo venne gestita, secondo quanto riportato in una bolla papale riguardante la vicina chiesa di San Cesareo, dai fratres cruciferi, e che divenne poi, durante lo stesso secolo, monastero di monache benedettine.

Alla seconda metà del XV secolo è databile l’ampliamento verso la strada con la loggia al primo piano e la trasformazione in residenza estiva del cardinale titolare di Tuscolo, nella cui diocesi era compresa la chiesa di S. Cesareo. Di qui l’ipotesi, suffragata da alcuni recenti rinvenimenti documentali, che vi abbia risieduto il Cardinale Giovanni Bessarione, titolare di Tuscolo dal 1449 al 1468. Del Cardinale Giovanni Battista Zeno, titolare della stessa sede episcopale dal 1479 al 1501, e di Marcello Crescenzi, eletto cardinale nel 1542, rimangono gli stemmi nella decorazione a fresco rispettivamente di alcune delle stanze e della loggia. Di notevole interesse appaiono in particolare gli affreschi del salone del piano nobile, dalla ricca e complessa tematica decorativa.

Nel 1600 la Casina fu concessa da Papa Clemente VIII al Collegio Clementino, da lui fondato nel 1594. Dopo il 1870, data della soppressione del Collegio, fu affidata al Convitto Nazionale. Ridotta tra fine ‘800 e primi ‘900 a locanda, ceduta nel 1926 dal Demanio dello Stato al Comune di Roma, viene restaurata e inaugurata nel 1933.
 Sono state recuperate le linee rinascimentali, le finestre a crociera e l’elegante loggia, da cui si accede dall’esterno agli ambienti del primo piano.

La Casina, sottoposta a recenti interventi di manutenzione e restauro, costituisce un raro esempio di villa rinascimentale extraurbana; gli arredi e le opere d’epoca di cui è stata dotata, insieme al giardino all’italiana che la circonda, ricreano la suggestiva ambientazione umanistica ispirata al Cardinal Bessarione.
Il complesso monumentale, che è una delle sedi di rappresentanza del Comune di Roma, ha ospitato frequentemente convegni e riunioni ufficiali patrocinati dal Sindaco e dall’Amministrazione Comunale.